به استناد ماده یازده قانون تشکیل سازمان پزشکی قانونی کشور، مصوب ۲۷/۴/۱۳۷۲ مجلس شورای اسلامی، آیین نامه اجرایی قانون فوق الذکر مشتمل بر ۲۰ ماده و ۲ تبصره به شرح زیر مورد تصویب قرار گرفت و از تاریخ ابلاغ لازم الاجرا می باشد:
ماده۱: درخواست ها و دستورات مراجع ذیصلاح قضایی به سازمان پزشکی قانونی کشور(که من بعد در این آیین نامه، «سازمان» نامیده می شود) و واحد های تابعه آن بایستی در چهارچوب وظایف قانونی سازمان، روشن، صریح و در برگیرنده جهات کامل خواسته‌های کارشناسی و تشخیص‌های پزشکی قانونی نسبت به موضوع ارجاعی بوده و به امضای مقامات قضایی ذیربط رسیده باشد.
ماده۲: درخواست‌ها و دستورات مراجع قضایی که بر اساس ماده یک این آیین نامه صادر شده باشد توسط مسوول مربوط در سازمان واحد های تابعه آن حسب مورد به افراد یا بخش های ذیربط ارجاع می‌گردد تا پس از اقدامات تشخیصی لازم اعم از معاینات بالینی افراد و کالبدگشایی اجساد و سایر اقدامات پاراکلینیکی و امور آزمایشگاهی و در صورت لزوم ارجاع موضوع به کمیسیون‌های پزشکی، نتایج حاصله در مدتی متناسب با موضوع ارجاعی طی گزارشی حاوی نکات مورد درخواست مرجع قضایی و رعایت مفاد تبصره یک ماده یک قانون با امضای مدیران مربوطه یا مقامات مجاز از طرف آنها به مقام قضایی ذیربط منعکس می گردد.
ماده۳: استعمالات ادارات و سازمان‌های وابسته به قوه قضاییه و سایر دستگاه‌های دولتی از سازمان و واحدهای تابعه آن بایستی در چهارچوب وظایف قانونی سازمان و دستگاه‌های استعلام کننده، مکتوب، روشن، صریح و بیان کننده دقیق ابعاد خواسته‌های کارشناسی مرجع استعلام کننده از سازمان و واحدهای تابعه آن بوده و به امضای مقامات مجاز دستگاه مربوط رسیده باشد.
ماده۴: برنامه ریزی، تعیین مدت، نحوه کارآموزی، موضوعات مورد آموزش در مقاطع مختلف، بررسی صلاحیت‌های علمی و صدور گواهی نامه های مربوطه و نیز تنظیم برنامه و اجرای سایر امور آموزشی سازمان برای کلیه افرادی که لازم است دوره کارآموزی پزشکی قانونی را طی نمایند به موجب دستورالعمل اجرایی خواهد بود که به تصویب رییس سازمان خواهد رسید.
ماده۵: همکاری علمی و انجام امور آموزشی و پژوهشی مورد نیاز سازمان و دانشگاه‌ها، موضوع بند ۴ ماده یک قانون بر اساس مقاوله‌نامه‌هایی که بر حسب مورد بین سازمان و دانشگاه‌های ذیربط امضا و مبادله خواهد شد، صورت می گیرد.
ماده۶: در اجرای بند ۵ ماده یک قانون، سازمان می‌تواند ضمن برقراری ارتباط و مبادله اطلاعات روز علوم ذیربط با مراکز آموزشی و پژوهشی داخل و خارج از کشور نسبت به برگزاری سمینارهای علمی و تخصصی و با اعزام مدیران وکارشناسان خود جهت شرکت در کنفرانس‌ها و سمینارها و سمپوزیم‌های داخلی و بین‌المللی اقدام نماید.
همچنین سازمان می‌تواند به منظور بالا بردن سطح اطلاعات علمی و تجربی نیروهای تخصصی و فنی خود افرادی را جهت طی دوره‌های مختلف تخصصی و فوق تخصصی و با بهره‌گیری از فرصت‌های مطالعاتی به مراکز آموزشی و پژوهشی معتبر داخل و یا خارج از کشور اعزام کند.
ماده۷: مقامات قضایی ذیربط می توانند به منظور اجرای صحیح تبصره ۲ ماده یک قانون از نظرات کارشناسی مقامات ذیصلاح پزشکی قانونی استفاده نمایند.
ماده۸: هزینه‌های خدمات پزشکی قانونی و انجام امور آموزشی و پژوهشی در ماده سه قانون بر اساس تعرفه مصوب م/۱۸۸۳۱/۱ مورخ ۳/۶/۱۳۷۲ و اصلاحیه‌های بعدی آن وصول و به حساب درآمدهای عمومی کشور واریز و سپس بر اساس قانون بودجه هر سال و مفاد ماده ۹ این آیین نامه به مصرف خواهد رسید.
ماده۹: اعتباری که به موجب قسمت اخیر ماده سه قانون در بودجه هر سال در اختیار سازمان قرار می گیرد جهت تهیه و تأمین ساختمان و وسایل و تجهیزات و به کارگیری نیروی انسانی مورد نیاز واحدهای تابعه سازمان، انجام امور تحقیقاتی و مطالعات پزشکی قانونی و انتشار مجله پزشکی به مصرف خواهد رسید.
ماده۱۰: پزشکان و کادر فنی سازمان (که حقوق و مزایای آنها به استناد ماده ۲ قانون معادل حقوق و مزایای پزشکان و کادر فنی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی خواهد بود) شامل افرادی از سازمان می‌شود که مشاغل آنها در یکی از رشته های شغلی مربوط به رشته بهداشتی و درمانی تخصیص یابد.
ماده۱۱: سازمان مکلف است به منظورحسن اجرای وظایف مندرج در ماده یک قانون به تعداد کافی پست سازمانی تحت عنوان هیأت علمی و محقق در مجموعه تشکیلاتی خود و واحدهای تابعه پیش بینی نموده و به تصویب مراجع ذیربط برساند.
ماده۱۲: کادر علمی و تحقیقاتی مندرج در تبصره یک ماده ۴ قانون شامل کلیه کارکنانی از سازمان می شود که مشاغل و پست‌های سازمانی آنها در مجموعه تشکیلاتی سازمان به عنوان عضو هیأت علمی یا محقق به تصویب رسیده باشد.
تبصره۱-۱۲: اشخاص ذیصلاح به تشخیص رییس سازمان جهت بررسی و تایید درجات علمی آنها به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی معرفی خواهند شد.
ماده۱۳: افرادی که به استناد ماده ۵ قانون با اعلام ضرورت سازمان جهت استفاده از خدمات پزشکی و پیراپزشکی آنان از طرف وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و یا دانشگاه‌های علوم پزشکی مامور خدمت در سازمان می شوند از نظر نوع ماموریت و همکاری با سازمان به دو گروه به شرح زیر تقسیم می شوند:
الف: افرادی که برای خدمت تمام وقت به سازمان و واحدهای تابعه آن مامور می شوند و در طول مدت همکاری با سازمان هیچگونه مسوولیت اجرایی در دستگاه اولیه و اصلی خود( دستگاه مامور دهنده ) ندارند و در این آیین نامه به آنان مامورین تمام وقت گفته می‌شود.
ب: افرادی که برای خدمت پاره‌وقت به سازمان و واحدهای تابعه آن مامور می شوند و من بعد در این آیین نامه به آنها مامورین پاره وقت گفته می شود.
ماده۱۴: همکاری مامورین پاره وقت مندرج در بند ب ماده ۱۳ این آیین نامه با سازمان بر حسب ضرورت با رعایت قوانین موضوعه و مقررات استخدامی به یکی از طرق زیر انجام می شود:
الف: مامورینی که همه روزه ساعاتی از اوقات اداری را با سازمان همکاری کنند و بقیه ساعات اداری روزانه را در دستگاه اولیه و محل کار سازمانی خود خدمت نمایند.
ب: مامورینی که تعدادی از روزهای هفته یا ماه را درکل ساعات اداری با سازمان همکاری کنند و بقیه ایام کاری هفته یا ماه را در دستگاه اولیه و محل کار سازمانی خود خدمت نمایند.
ج: مأمورینی که ساعاتی از اوقات اداری تعدادی از روزهای کاری هر ماه را با سازمان همکاری نمایند و بقیه اوقات اداری را در دستگاه اولیه و محل کار سازمانی خود خدمت کنند.
ماده۱۵: با توجه به مفاد قسمت اخیر ماده ۵ قانون، حقوق و مزایای افرادی که به استناد ماده قانونی مذکور جهت همکاری در زمینه خدمات پزشکی و پیراپزشکی به سازمان مامور می شوند (اعم از این که ماموریت آنها در سازمان تمام وقت باشد یا پاره وقت) با توافق بالاترین مقام اجرایی دستگاه مامور دهنده و رییس سازمان یا سایر مقامات مجاز از دو دستگاه پرداخت خواهد شد.
ماده۱۶: مامورین تمام وقت مندرج در بند الف ماده ۵ این آیین نامه در صورتی که در طول مدت ماموریت خود در سازمان به مشاغلی منصوب شوند که قانوناً مزایایی بیشتر از مزایای آخرین شغل قبل از ماموریت آنها به سازمان داشته باشد یا در نقاط و شهرستان‌هایی به کار گمارده شوند که مزایای منطقه‌ای بیشتری از نقاط محل خدمت قبلی آنها داشته باشد، محق به دریافت مابه¬التفاوت مزایای مذکور خواهند بود و اگر دستگاه ماموردهنده پرداخت مابه التفاوت مزایای چنین مامورینی را به عهده نگیرد، سازمان مکلف است از محل اعتبارات مصوب خود این گونه مزایا و مابه التفاوت‌ها را به مامورین ذینفع پرداخت کند.
ماده۱۷: حق الزحمه افرادی که به استناد ماده ۵ قانون و موارد مندرج در مواد ۱۳ و ۱۴ این آیین نامه جهت همکاری در زمینه خدمات پزشکی و پیراپزشکی به سازمان مامور می شوند برای ساعات همکاری در خارج از وقت اداری بر اساس تعرفه‌ای که در اجرای تبصره ذیل ماده قانونی فوق به صورت جداگانه تهیه و به تصویب می رسد پرداخت خواهد شد.
ماده۱۸: مدیران کل مراکز پزشکی قانونی استان ها توسط رییس سازمان و یا مقام مجاز از طرف وی از میان پزشکان واجد صلاحیت انتخاب و به این سمت منصوب می‌گردند.
ماده۱۹: روسای مراکز پزشکی قانونی شهرستان های تابعه هر استان به پیشنهاد مدیرکل مرکز پزشکی قانونی استان مربوطه و با حکم رییس سازمان یا مقام مجاز از طرف وی از میان پزشکان واجد صلاحیت انتخاب و به این سمت منصوب می‌گردند.
ماده۲۰: سازمان مکلف است پزشکان، دندان‌پزشکان، داروسازان و متخصصان علوم آزمایشگاهی را که به استخدام سازمان درمی‌آیند و درخواست اجازه تاسیس مطب یا داروخانه و آزمایشگاه در شهر محل خدمت خود را دارند جهت اعمال ماده ۹ قانون و صدور پروانه مربوط به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی معرفی نماید.
تبصره۱-۲۰: درصورتی که رابطه استخدامی هر یک از مستخدمین مندرج در این ماده با سازمان قطع شود سازمان مکلف است در اسرع وقت مراتب را جهت لغو پروانه طبابت مشروط و یا ابطال اجازه تاسیس موسسه، حسب قانون اجازه تاسیس مطب مصوب ۱۳۶۲ و آیین نامه اجرایی آن به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اعلام کند.