ماده۶۱: در صورتی‌که بعد از انجام بازرسی و ارسال گزارش به مبادی ذی‌ربط، دلایل و مدارکی تحصیل شود که ضرورت بازنگری، اصلاح و تکمیل گزارش را اقتضاء نماید، سازمان موظف است به ترتیبی که گزارش بازرسی تهیه شده، موضوع را در فرآیند بررسی مجدد قرار داده و حسب مورد نسبت به تکمیل و یا عدول از تمام یا بخشی از گزارش اقدام نماید.
چنانچه عدول از گزارش، مربوط به تخلف یا جرم باشد، باید مراتب بدون فوت وقت به مراجع ذی‌صلاح اعلام گردد.
فصل چهارم: دستگاه‌های نظارتی
ماده۶۲: سازمان موظف است ساختار مناسب دبیرخانه شورای دستگاه‌های نظارتی کشور را(که در اجرای بند «ب» ماده ۱۱ قانون تشکیل گردیده و اساس‌نامه آن به تأیید سران سه قوه و تنفیذ مقام معظم رهبری رسیده است) طراحی و با تعیین پست‌های سازمانی لازم نسبت به تنظیم و پیگیری امور شورا و تشکیل شوراهای متناظر استانی، کارگروه‌های تخصصی و واحدهای مرتبط مذکور در اساس‌نامه اقدام نماید.
ماده۶۳: مسئولان و اشخاص موضوع ماده ۱۲ قانون موظفند بدون فوت وقت، وقوع جرایم مربوط به ارتشا، اختلاس، کلاهبرداری، تبانی در معاملات دولتی، اخذ پورسانت در معاملات داخلی یا خارجی، اعمال نفوذ برخلاف حق و مقررات قانونی، تحصیل مال نامشروع، استفاده غیرمجاز یا تصرف غیرقانونی در وجوه یا اموال دولتی یا عمومی و یا تضییع آن‌ها، تدلیس در معاملات دولتی، اخذ وجه یا مال غیرقانونی یا امر به اخذ آن، منظور نمودن نفعی برای خود یا دیگری تحت هر عنوان اعم از کمیسیون، پاداش، حق‌الزحمه یا حق‌العمل در معامله یا مزایده یا مناقصه و سایر جرایم و سوء جریانات مالی و اداری مرتبط با وظایف کارکنان را به سازمان اعلام نمایند.
تبصره۱: اعلام مراتب مذکور به سازمان، مانع از سایر تکالیف قانونی نظیر اعلام جرم به مراجع قضایی و هیأت‌های رسیدگی به تخلفات اداری نیست.
تبصره۲: در صورتی که اعلامات مذکور در این ماده به بالاترین مقام مسئول در وزارتخانه یا دستگاه منعکس شده باشد، این مقام مکلف است موضوع را به سازمان منعکس نماید، در غیر این صورت نامبرده مستنکف تشخیص و به مرجع قضایی ذی‌صلاح معرفی می‌گردد.
ماده۶۴: سازمان می‌تواند شکایات و اعلامات راجع به سوء جریانات اداری و مالی یا تخلف از قانون و مقررات را به ادارات نظارت، ارزیابی عملکرد و رسیدگی به شکایات، حراست‌ها و حفاظت اطلاعات‌ها و بازرسان قانونی دستگاه‌های مشمول نظارت و بازرسی، ارسال و رسیدگی به موضوع و اعلام نتیجه را ظرف مدت معین خواستار شود.
مراجع مذکور ضمن ارسال گزارش به سازمان، نسخه‌ای از آن را نیز برای بالاترین مقام مسئول خود ارسال می‌دارند.
فصل پنجم: تشکل‌های غیردولتی
ماده۶۵: سازمان در اجرای بند «الف» ماده ۱۱ قانون، می‌تواند از ظرفیت تشکل‌های غیردولتی و مردم‌نهاد و افراد واجد شرایط، در حدود اختیارات قانونی در زمینه‌های مختلف از جمله در امر پیشگیری از وقوع جرم، جلوگیری از تضییع اموال عمومی و منابع طبیعی، حفظ محیط‌زیست و ارتقای میزان سلامت نظام اداری و مقابله با فساد، توسعه فرهنگ قانون‌مداری و کسب اطلاعات و اخبار ارزیابی‌ها و پیشنهادها بهره‌مند شود و از نیروهای متخصص و کارشناس تشکل‌های مذکور در انجام برنامه‌های نظارت و بازرسی، انجام تحقیقات و مشاوره‌های تخصصی حسب مورد استفاده نماید و برای این منظور اقدامات زیر را انجام دهد:
۱-۶۵ با ایجاد واحدی در ساختار تشکیلاتی سازمان و تعیین شرح وظایف و نحوه تعامل تشکل‌ها و اشخاص واجد شرایط و نیز ارتباط واحدهای استانی با تشکل‌های غیردولتی و مردم‌نهاد و اشخاص نامبرده و با کمک به تشکیل انجمن‌های حرفه‌ای و تخصصی نظارتی، زمینه را برای نظارت همگانی فراهم کند.
دستورالعمل اجرایی این بند و معیارها و شاخص‌های انتخاب تشکل‌های غیردولتی و مردم نهاد و افراد واجد شرایط با رعایت ماده ۳ قانون راجع به مقررات اداری و استخدامی سازمان برای همکاری با سازمان و نیز ضوابط مربوط، به تصویب رئیس قوه قضاییه می‌رسد.
۲-۶۵ با شناسایی تشکل‌های غیردولتی و مردم‌نهاد و افراد مزبور، نسبت به احراز صلاحیت‌های عمومی و تخصصی آنان اقدام و در بانک اطلاعاتی مربوط، مشخصات و اقدامات هر یک ثبت و ضبط شود.
۳-۶۵ انجام هر یک از مأموریت‌های فوق باید به نحو روشن و رسمی به تشکل‌ها و نهادهای غیردولتی و افراد ابلاغ و نحوه همکاری و ارتباط با سازمان و دستگاه‌های مشمول بازرسی مشخص و هدایت و نظارت لازم معمول شود.
همکاری اشخاص فوق‌الذکر، آزاد و افتخاری است و هیچ‌گونه رابطه استخدامی با سازمان ایجاد نمی‌نماید؛ لیکن سازمان می‌تواند برخی از هزینه‌های انجام کار و یا پاداش مناسب را به آنان پرداخت نماید.
۴-۶۵ هزینه‌های مربوط به اجرای این برنامه و اعتبارات لازم، در بودجه سالانه پیش‌بینی و به دولت پیشنهاد می‌شود.
فصل ششم: اطلاع‌رسانی
ماده۶۶: به منظور اطلاع‌رسانی عمومی، شورای مشورتی اطلاع‌رسانی با رعایت بند «هـ» ماده ۱۱ قانون به ریاست رئیس سازمان یا مقام مأذون از طرف وی و حضور مسئولان ذی‌ربط و افراد صاحب‌نظر در امر اطلاع‌رسانی تشکیل و در موارد زیر اتخاذ تصمیم می‌نماید:
۱-۶۶ تعیین سیاست‌ها، خط‌مشی‌ها و شاخص‌های اطلاع‌رسانی و آگاهی بخش عمومی.
۲-۶۶ نحوه پاسخگویی به افکار عمومی در مورد موضوعات و مسایل مطرح در جامعه در صورت ارتباط با وظایف سازمان.
۳-۶۶ نحوه افزایش اثربخشی اقدامات سازمان با اطلاع رسانی مناسب و به موقع.
۴-۶۶ تعیین نحوه انتشار گزارش‌های دارای طبقه‌بندی با رعایت قانون انتشار و افشای اسناد محرمانه و سرّی دولتی و آیین‌نامه مربوط.
۵-۶۶ تعیین مقامات مجاز به اطلاع‌رسانی و حدود اختیارات آنان.
۶-۶۶ تعیین میزان و موضوعات قابل اطلاع‌رسانی(ارایه تمام یا بخشی از گزارش‌ها).
۷-۶۶ چگونگی ارایه برنامه‌های نظارت و بازرسی، فعالیت‌ها و عملکرد سازمان و واحدهای مربوط.
۸-۶۶ پاسخگویی به مقالات و ایرادات احتمالی بر اقدامات و یا گزارش‌های سازمان.
۹-۶۶ تعیین موضوعات و اطلاعات قابل ارایه در نشریات و پایگاه‌های اطلاع‌رسانی بین‌المللی و منطقه‌ای نظیر انجمن آمبودزمان آسیایی، مؤسسه آمبودزمان جهانی و انجمن بین‌المللی مسئولان مبارزه با فساد.
تبصره۱: تعیین اعضای شورا، نحوه تشکیل جلسه و اداره آن و مسایل مرتبط به موجب دستورالعملی است که به تصویب رئیس سازمان می‌رسد.
تبصره۲: کارشناسان و بازرسان سازمان نمی‌توانند در هیچ‌یک از مراحل نظارت و بازرسی و بررسی پرونده‌ها و گزارش‌ها، اقدام به اطلاع‌رسانی عمومی نمایند؛ مگر به اذن رئیس سازمان یا مقام مأذون از جانب وی.
ماده۶۷: کلیه تشکل‌ها و اشخاص موضوع بند «الف» ماده ۱۱ قانون، گزارش‌دهندگان به سازمان و شهود که در جهت وظایف سازمان، همکاری‌های لازم را معمول دارند و رسانه‌ها که با اطلاع‌رسانی مناسب موجب تقویت نظارت و اثربخشی اقدامات شوند، مشمول حمایت‌های قانونی سازمان هستند.
فصل هفتم: سایر موارد
ماده۶۸: کلیه کارشناسان و بازرسان غیرقضایی باید طبق دستورالعملی که سازمان به همین منظور تهیه نموده و به تایید رئیس قوه قضاییه می‌رساند، سوگند یاد کنند. متن سوگندنامه به شرح زیر است:
«بسم‌الله الرحمن الرحیم ـ من در پیشگاه قرآن کریم به خداوند قادر متعال که دانای آشکار و نهان است، سوگند یاد می‌کنم که همواره حدود الهی و احکام مقدس شریعت را محترم شمارم و نسبت به نظام جمهوری اسلامی ایران، قانون اساسی، ولایت فقیه و اجرای صحیح قانون، وفادار، متعهد و ملتزم باشم و اهتمام خود را جهت انجام مأموریت‌های سازمان بازرسی کل کشور با رعایت عدالت، صداقت، رازداری، حق‌جویی به کار گیرم و از آلودگی به هر امر منافی پرهیزکاری، شرافت و اخلاق اسلامی، اجتناب ورزم.»
ماده۶۹: در اجرای بند «الف» ماده ۲ قانون، دایر بر نظارت و بازرسی در امور اداری و مالی دادگستری، به نحو زیر اقدام می‌گردد:
الف) امور اداری:
۱) بررسی عملکرد واحدهای مورد بازرسی از حیث انجام وظایف قانونی، تناسب تشکیلات با مأموریت‌ها و اختیارات و میزان تأثیر در تأمین انتظارات اهالی حوزه فعالیت و رفع مشکلات قضایی مردم.
۲) بررسی نحوه تنظیم و نگهداری دفاتر، پرونده‌ها، اسناد و مدارک اعم از روش‌های دستی یا الکترونیکی، کیفیت ارجاع و تعیین اوقات رسیدگی و دادرسی و فواصل تجدید جلسات و جهات آن، بررسی آمار عملکرد و تطبیق اقدامات با آمار مربوط و بررسی‌های مقایسه‌ای.
۳) بررسی چگونگی اعمال مدیریت و نظارت بر واحدهای تحت تصدی و حسب مورد بررسی طرز رفتار رؤسا و متصدیان شعب و کارمندان از حیث انجام وظیفه محوله، رعایت نظم و ترتیب، صحت عمل و حسن سلوک با همکاران و مراجعین، حسن شهرت و معلومات و دانش شغلی.
۴) پیگیری موارد ارجاعی رئیس قوه قضاییه و بررسی اعلامات و شکایات واصله از تخلفات اداری و مالی.
ب) امور مالی:
بررسی وضعیت و نحوه عملکرد بخش‌های مالی و حسابداری، کیفیت وصول درآمدهای مراجع قضایی و واحدهای تابعه دادگستری اعم از وجوه حاصل از فروش تمبر و پرداخت جزای نقدی و سپرده‌ها و. . . . و واریز آن‌ها به حساب‌های مخصوص و چگونگی صرف اعتبارات، امور مربوط به معاملات، اموال و تجهیزات و طرز نگهداری آن‌ها.
ماده۷۰: تشخیص دستگاه‌های مشمول نظارت و بازرسی با سازمان است و مؤسسات و سازمان‌های موضوع ماده ۲ قانون، نمی‌توانند مانع انجام بازرسی شوند و چنانچه ادعایی در این خصوص دارند باید کتباً به سازمان اعلام و نظر نهایی سازمان قاطع خواهد بود.
ماده۷۱: تشکیلات سازمان پست‌های سازمانی با توجه به وظایف و مأموریت‌های مقرر در قانون، با پیشنهاد رئیس سازمان به تصویب رئیس قوه قضاییه می‌رسد.
ماده۷۲: استخدام کارمندان غیر قضایی، تهیه امکانات و ملزومات، اعلام نیازمندی‌ها و بودجه مورد نیاز، بر اساس برآورد و پیشنهاد سازمان توسط دولت تأمین می‌گردد.
ماده۷۳: دستورالعمل‌های مواد ۱۹، ۵۱، ۶۵، ۶۶ و۶۸ و مورد نیاز، پس از تایید رئیس قوه قضاییه با ابلاغ رئیس سازمان اجرایی خواهد شد.
ماده۷۴: با تصویب این آیین‌نامه، آیین‌نامه اجرایی سابق با اصلاحات بعدی آن، نسخ و کلیه دستورالعمل‌ها و بخشنامه‌های مغایر، لغو می‌شود.
ماده۷۵: این آیین‌نامه مشتمل بر هفتاد و پنج ماده و بیست و شش تبصره و در هفت فصل در تاریخ ۱۵/۱/۸۸ به تصویب رسید.