ماده۴۱: چنانچه حسن جریان امور در دستگاه مورد بازرسی مستلزم ادامه تعلیق باشد، بازرس یا هیأت بازرسی می‌باید قبل از پایان بازرسی، مراتب را مستدل و مستند به قانون، نظیر ماده ۱۳ قانون رسیدگی به تخلفات اداری از طریق سازمان به وزیر و یا بالاترین مقام دستگاه مربوط پیشنهاد نماید.
ماده۴۲: بازرس در اجرای مأموریت خود، از هرگونه پیش داوری و القاء نظر ممنوع است. استنتاج و اظهارنظر بازرس منوط به اتمام بازرسی است.
ماده۴۳: هرگاه بازرس یا هیأت بازرسی، ضمن انجام مأموریت با موضوعاتی برخورد کند که واجد اهمیت و یا حاکی از سوءجریان و یا وقوع جرم در دستگاه مورد بازرسی است و رسیدگی به آن خارج از مأموریت او باشد، موضوع را با رعایت سلسله مراتب به سازمان اعلام و کسب تکلیف می‌نماید.
ماده۴۴: عملکرد و رفتار بازرسان در محیط بازرسی؛ باید مبتنی بر اخلاق حرفه‌ای و از موضع قانون باشد و نباید در اموری که جنبه خصوصی دارد، مداخله نمایند.
ماده۴۵: اعمال نظارت و بازرسی، تحقیقات؛ کسب اطلاعات و تهیه مدارک و اسناد؛ باید به گونه‌ای باشد که در روند امور جاری دستگاه بازرسی‌شونده ایجاد وقفه یا خلل ننماید و انگیزه اقدام و فعالیت را از مدیران سلب نکند.
تبصره: منظور از ایجاد وقفه و خلل، اقداماتی است که موجب تعطیلی یا کند شدن حرکت دستگاه مورد بازرسی گردد یا فعالیت‌های آن را دچار اشکال نماید. تشخیص حسن اجرای این ماده با سازمان می‌باشد و در صورت اختلاف نظر میان دستگاه مورد بازرسی و سازمان موضوع به وسیله ریاست سازمان بازرسی و یا هیأت منصوب از قبل ایشان بررسی شده و طبق نظر ریاست سازمان و یا هیأت مزبور عمل می‌شود.
ماده۴۶: مدیران نظارت و بازرسی موظفند با کسب اطلاعات لازم و بهنگام از دستگاه‌های مشمول بازرسی، به منظور پیشگیری از بحران اجتماعی، سوءجریانات مهم، وقوع جرم و نقض قوانین، با اطلاع سازمان و بدون رعایت تشریفات مربوط به تهیه گزارش‌های بازرسی، سریعاً هشدار لازم را جهت اتخاذ تصمیمات مناسب به دستگاه‌های اداری بدهند. گزارش تکمیلی پس از طی مراحل مربوط، به مبادی ذی‌ربط ارسال خواهد شد.
همچنین سازمان می‌تواند در صورت لزوم علل بروز وقایع مهم مملکتی را به طرق مقتضی بررسی کرده و مراتب را به رئیس قوه قضاییه و مقامات مسئول گزارش نماید.
فصل سوم: تهیه گزارش و پیگیری آن
ماده۴۷: با استفاده از ماحصل بررسی‌ها، اطلاعات و دلایل جمع‌آوری شده در جریان بازرسی، طرح گزارش تهیه و با ایجاد ارتباط منطقی بین مطالب، به تحریر متن گزارش به صورت مستند و مستدل اقدام می‌گردد. در تدوین گزارش بازرسی نکات زیر باید رعایت شود:
الف) تنظیم مطالب و نتیجه تحقیقات و اطلاعات به دست آمده و طبقه‌بندی آن‌ها بر مبنای درجه اهمیت دلایل و مستندات و تعیین جایگاه آن‌ها در گزارش.
ب) تجزیه و تحلیل عملکرد دستگاه یا موضوع مورد بازرسی.
ج) ارزیابی وضعیت موجود با لحاظ قوانین و مقررات مربوط و اهداف بازرسی.
د) اعلام‌نظر بر حسن جریان امور و یا تعیین موارد اختلاف بین آنچه انجام گرفته و آنچه باید انجام می‌گرفت و بیان اشکالات، معایب، نقایص، وقوع تخلف و جرم.
هـ) اخذ دفاعیات و نقطه نظرات عالی‌ترین مسئول دستگاه مورد بازرسی در بازرسی‌های برنامه‌ای و مهم به صورت مکتوب در رابطه با اشکالات و تخلفات و منعکس نمودن آن در گزارشات.
و) استنتاج از مجموعه بررسی‌ها و اعلام نظر نهایی با توجه به شرایط و اوضاع و احوال مؤثر و ارایه پیشنهادهای مناسب و اصلاحی و قابل اجرا.
ز) تعیین روش پیگیری و نظارت بر تحقق نظریات و پیشنهادهای ارایه شده.
ماده۴۸: تنظیم گزارش بازرسی از حیث شکلی، حتی‌الامکان به ترتیب زیر است:
۱-۴۸ صفحه عنوان، عنوان گزارش، تاریخ تنظیم گزارش، نام بازرس یا بازرسان یا تهیه‌کنندگان گزارش.
۲-۴۸ فهرست مطالب.
۳-۴۸ خلاصه گزارش: موضوع بازرسی، نتیجه‌گیری‌ها و پیشنهادها.
۴-۴۸ مقدمه: که خواننده گزارش را برای مطالعه و پذیرش مطالب گزارش آماده می‌کند.
۵-۴۸ متن یا قسمت اصلی گزارش: که متضمن معرفی و بیان محتوا و موضوعی است که بازرسی برای آن انجام شده و نتایج حاصله از بررسی‌ها را نشان می‌دهد، شامل:
۱: تعریف موضوع و تشریح اهمیت و اهداف بازرسی.
۲: قلمرو مکانی و زمانی بازرسی.
۳) روش و چگونگی جمع‌آوری اطلاعات، تجزیه و تحلیل اطلاعات جمع‌آوری شده.
۴) استنتاج و ارایه نظرها.
۵) پیشنهادها.
۶-۴۸ مستندات و مدارکی که برای مراجعه لازم است.
ماده۴۹: در تحریر گزارش باید از عبارات صریح، کوتاه، ساده و بدون اغلاط املایی و اشکالات دستوری استفاده شود و از به‌کارگیری عبارات یا کلمات غیر متعارف، مبالغه‌آمیز، احساسی و عاطفی، موهن، وصفی، تکراری و غیر مأنوس خودداری گردد.
ماده۵۰: در ارایه پیشنهادهای مندرج در گزارش بازرسی باید نکات زیر رعایت شود:
۱-۵۰ مستقیماً با موضوع مأموریت محوله مرتبط باشد.
۲-۵۰ صریح، روشن و قابل اجرا باشد و از بیان مطالب کلی، مبهم و مجمل خودداری شود.
۳-۵۰ شرایط، اوضاع و احوال، امکانات، توان اجرایی و مقررات حاکم بر دستگاه بازرسی مورد توجه قرار گیرد.
۴-۵۰ موضوع با اصول و قواعد علمی و فنی و روش‌های منطقی و مقررات جاری کشور تطبیق داده شود.
۶-۵۰ در هر امر تخصصی به نظریه کارشناس مربوط استناد شود.
۷-۵۰ تشویق، تقدیر، ارتقا، اعطای نشان و درجه و یا نظایر آن و همچنین اعمال سیاست‌های تنبیهی در محدوده اختیارات قانونی مسئولان بوده و نیز طرح موضوعات در هیأت‌های رسیدگی به تخلفات اداری و دادسراهای انتظامی و مراجع قضایی، باید مستند و مستدل باشد.
۸-۵۰ درخواست ابطال آیین‌نامه، تصویب‌نامه، بخشنامه و دستورالعمل دستگاه‌های مشمول بازرسی(از طریق دیوان عدالت اداری) باید متضمن تشخیص موارد نقض قانون و یا مغایرت شرعی باشد.
۹-۵۰ راجع به احکام قضایی که مغایرت بین آن‌ها با شرع یا قانون احراز شده است موارد و جهات مغایرت صراحتاً تعیین گردد.
۱۰-۵۰ چنانچه سوءجریان یا نقایص موجود در دستگاه بازرسی شونده، ناشی از فقدان ضوابط و مقررات متناسب باشد و یا ایجاد وضعیت مطلوب در آن دستگاه مستلزم تدوین مقرراتی است، با تشریح موضوع و تعیین محورهای اساسی و کلی، حسب مورد، تذکرات لازم مبنی بر ضرورت تدوین آیین‌نامه، تصویب‌نامه، بخشنامه، دستورالعمل و قانون و یا اصلاح مقررات به دستگاه ذی‌ربط داده می‌شود.
ماده۵۱: گزارش‌های نظارت و بازرسی پس از بررسی و تأیید نهایی، با امضای رئیس سازمان و یا مقامات مأذون، به مراجع قانونی مربوط ارسال می‌شود.
بازرس، کارشناس، مدیر بازرسی و کلیه اشخاص مرتبط در تهیه، تنقیح، انعکاس گزارش و پیگیری آن در حدود اختیارات و وظایف خود مسئولیت دارند.
تبصره: نحوه بررسی، تنقیح و تأیید نهایی گزارش‌ها و نیز چگونگی مکاتبات مقامات مجاز با خارج از سازمان و نیز دعوت مسئولان برای حضور در سازمان به موجب دستورالعملی است که به تصویب رئیس سازمان می‌رسد.
ماده۵۲: گزارش‌ها به تناسب موضوع و مخاطب آن به مراجع قانونی مربوط منعکس می‌شود و در خصوص اعلام وقوع جرم یا تخلف، گزارش اختصاصی به تفکیک تهیه و ارسال می‌گردد.
تبصره: منظور از گزارش اختصاصی، آن قسمت از گزارش اصلی است که برای اقدام قانونی به مراجع صالح قضایی یا دیوان محاسبات کشور و یا هیأت‌های رسیدگی به تخلفات اداری، انضباطی و انتظامی ارسال می‌گردد.
ماده۵۳: در صورتی که گزارش بازرسی متضمن وقوع تخلف یا جرمی باشد که دارای حیثیت عمومی است، بلافاصله گزارش اختصاصی مشتمل بر مشخصات متهم یا متهمان، عنوان اتهام و شرح آن و میزان سوءاستفاده یا ضرر و زیان وارده، دلایل، مدارک و مستندات قانونی تهیه و پس از تأیید بازرس قضایی، به مرجع قضایی صالح ارسال می‌شود.
تبصره: چنانچه امکان شناسایی متهم اصلی، شرکا و معاونین و یا میزان ضرر و زیان وارده علیرغم تلاش لازم میسور نباشد، گزارش با تصریح این موضوع به مراجع قضایی منعکس می‌شود.
ماده۵۴: سازمان موظف است اجرای پیشنهادهای مندرج در گزارش‌های خود را تا حصول نتیجه نهایی از طریق مکاتبه، دعوت از مسئولان ذی‌ربط، انجام بازرسی پیگیری(اعزام بازرس یا هیأت بازرسی) و یا هر طریق قانونی دیگر پیگیری نماید و در صورت عدم اجرای آن‌ها بدون عذر موجه، اقدامات زیر را انجام دهد:
اول) تذکر و تأکید بر اجرای پیشنهاد به مسئول مربوط در مهلت مقرر، با توجه به تبصره ماده ۱۰ قانون.
دوم) تهیه گزارش استنکاف از اجرای پیشنهادهای قانونی سازمان و ارسال آن به مرجع قضایی پس از طی تشریفات مربوط به ارسال گزارش.
تبصره: پیگیری اجرای پیشنهادهای مندرج در گزارش از مراجع مختلف باید همزمان، موازی و مؤثر باشد، به طوری که پیگیری یک پیشنهاد موجب غفلت از سایر پیشنهادها نگردد.
ماده۵۵: مراجع قضایی و اداری رسیدگی‌کننده به جرایم و تخلفات، مکلفند وقت رسیدگی و جهت آن را به اطلاع سازمان رسانده و در همه مراحل تحقیق و محاکمه به گزارش‌های سازمان خارج از نوبت و در مهلت تعیین شده به شرح ماده ۶ قانون رسیدگی نمایند. سازمان حسب مورد با تقدیم لایحه یا اعزام نماینده برای حضور در جلسه تحقیق یا محاکمه، توضیحات لازم را ارایه خواهد نمود. نماینده سازمان می‌تواند قبلاً پرونده را مطالعه کرده، از اوراق مربوط تصویر یا رونوشت تهیه نماید.
تبصره: مراجع قضایی و اداری رسیدگی‌کننده به جرایم و تخلفات مکلفند نسخه‌ای از قرار و یا حکم صادره را به سازمان ارسال و ابلاغ نمایند.
ماده۵۶: دادستان در اجرای وظایف قانونی خود شخصاً یا حسب مورد با گماردن یکی از معاونان یا دادیاران مجرب و بصیر در امر تحقیقات نظارت نموده، تعلیمات لازم را به مقام تحقیق ارایه و قبل از اظهارنظر نسبت به قرارهای منع یا موقوفی تعقیب در مرحله دادسرا، گزارش بازرسی و دلایل و مستندات آن را مورد دقت قرار داده و نظر سازمان را تحصیل و سپس تصمیم مقتضی اتخاذ می‌نماید.
ماده۵۷: با توجه به تکلیف مقرر در بند «د» ماده ۲ قانون، در جهت پیگیری گزارش‌ها تا حصول نتیجه چنانچه در مواردی رأی مراجع قضایی مبنی بر برائت، منع و یا موقوفی تعقیب و یا مغایر با قانون باشد، سازمان قبل از انقضای مهلت قانونی، دلایل و مستندات مخدوش بودن رأی را به دادستان جهت اقدام قانونی مبنی بر تقاضای تجدیدنظر اعلام می‌نماید.
ماده۵۸: چنانچه مراجع رسیدگی‌کننده به جرایم و تخلفات اعلامی سازمان، دلایل اقامه شده را کافی ندانند، مکلفند رأساً هرگونه تحقیق یا اقدام قانونی را برای کشف واقع به عمل آورند. تطبیق عنوان جرم یا تخلف با قانون نیز به عهده مرجع رسیدگی‌کننده است.
ماده۵۹: در مواردی که گزارش بازرسی راجع به وقوع جرم و ورود خسارت به اموال دولتی و حقوق عمومی و تضییع آن‌هاست، دادستان ضمن تعقیب کیفری، صدور حکم به جبران خسارت و زیان وارده را نیز از دادگاه درخواست می‌نماید. درخواست دادستان مستلزم تشریفات آیین دادرسی و ابطال تمبر و هزینه دادرسی نیست. این مقررات نافی وظیفه دستگاه‌های مربوط برای احقاق حقوق خود نیست.
تبصره: در مواردی‌که مراجع رسیدگی‌کننده، قرار ارجاع امر را به کارشناس یا هیأت کارشناسی ضروری تشخیص دهند، هزینه‌های کارشناسی حسب مورد باید توسط معترض به گزارش سازمان و یا دستگاه ذی‌ربط و یا از محل بودجه دادگستری پرداخت شود.
ماده۶۰: در صورتی‌که بازرس قضایی در ضمن بازرسی، آراء قطعی صادره از مراجع قضایی را خلاف بین شرع تشخیص دهد، گزارش مستدل و مستند خود را از طریق سازمان برای رئیس قوه قضاییه ارسال و درخواست اقدام قانونی به عمل می‌آورد.